← 返回 Guides
Guides · 系列

Database

按实际问题使用生物医学数据资源：找到正确的数据版本、标识体系、访问方式与分析输入。

3 章 · 2025-11-03 – 2026-04-06

  1. 01基因 ID 转换与注释使用 Ensembl、OrgDb、AnnotationDbi、biomaRt 与 bitr 在 gene symbol、Ensembl 和 Entrez ID 之间转换，并检查一对多、版本号和未匹配记录。
  2. 02使用 MSigDB 获取基因集通过 msigdbr 按物种、collection 和 subcollection 获取 MSigDB 基因集，并整理为统计表、TERM2GENE 或命名列表。
  3. 03获取 FinnGen GWAS 汇总数据从 FinnGen release 页面确认 phenotype 与数据版本，通过 manifest 定位并下载公开 GWAS summary statistics。