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术语、机制、方法的解释。收进来的标准只有一条：某个词挡住了我读论文，或者它在多篇论文里反复出现。

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2026-07-03最近添加

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Immunology8Cancer8Statistics6Omics6Cell Biology5Genomics3Clinical2Programming2

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A

AI, Machine Learning, Neural Networks, and Deep LearningStatisticsAI 是构建能够执行感知、推理、学习或生成等智能任务的系统这一宽泛领域；machine learning、neural network 与 deep learning 是其中层层嵌套但不能互换的概念。Aortic AneurysmClinicalAortic aneurysm 是主动脉局部异常扩张。主动脉是从心脏向全身输送富氧血液的最大动脉；当某一段主动脉壁变弱，在血流压力下向外膨出，就形成 aneurysm。ApoptosisCell BiologyApoptosis 是一种受严格调控的 programmed cell death，典型特征包括细胞皱缩、chromatin condensation、membrane blebbing、DNA fragmentation 与 caspase activation。

C

Cancer-Associated FibroblastCancerCancer-associated fibroblasts（CAFs）是 tumour microenvironment 中具有多种 activated fibroblast-like states 的 stromal cells。Cell AnnotationOmicsCell annotation 是依据表达特征、marker、参考图谱和生物学背景，为单细胞或细胞群赋予 cell type 或 cell state 身份的过程。cfDNACancerCell-free DNA（cfDNA）是存在于血液等体液中的细胞外 DNA；其中来源于肿瘤的部分称为 circulating tumor DNA（ctDNA）。Confusion MatrixStatisticsConfusion matrix 是把分类模型的 predicted labels 与 true labels 交叉列出的表格，是理解 accuracy、precision、recall 与 specificity 的基础。Copy Number VariationGenomicsCopy number variation（CNV）是相对于预期 copy number 出现的基因组 DNA 片段 gain 或 loss。CpG IslandGenomicsCpG island 是 CpG dinucleotides 高度富集的基因组区域，常位于 gene promoter 附近，其 methylation 状态与转录调控密切相关。Cycling and Noncycling CellsCell BiologyCycling cells 指当前处于 active cell cycle 的细胞。它们正在准备 DNA replication、进行 DNA synthesis、准备 mitosis，或处在细胞分裂相关阶段。

D

Dendritic CellsImmunologyDendritic cells（DCs）是专业 antigen-presenting cells，负责摄取和加工 antigen，并通过 MHC 将其呈递给 T cells。DictionaryProgrammingPython dictionary 是从 hashable keys 到 values 的可变映射，适合按名称或标识符快速组织和查找数据。Dynamic Signalling HubCancerDynamic signalling hub 是局部多细胞相互作用区域；相邻细胞在其中交换信号，共同塑造 cell state、tissue organization 与疾病行为。

E

EASIClinicalEASI（Eczema Area and Severity Index）是结合皮损严重程度与受累面积评估 atopic dermatitis 的临床评分。EcoTyperOmicsEcoTyper 是从 single-cell 与 bulk transcriptomic data 中识别 cell states 和 multicellular ecotypes 的计算框架。

F

FerroptosisCell BiologyFerroptosis 是由铁依赖性 phospholipid peroxidation 驱动的 regulated cell death，最终因膜脂过氧化失控而造成致死性膜损伤。

G

GenesGenomics本页汇总阅读论文时反复出现的 genes，重点记录 canonical function、常见 marker 语境与容易误读之处。

I

Immune CellsImmunology机体通过免疫系统中各种效应细胞和分子的共同作用，抵御病原体及其毒素的侵害。固有免疫应答和适应性免疫应答都依赖白细胞的功能；因此理解免疫系统，首先要理解这些细胞从哪里来、在哪里成熟、如何进入血液和组织，以及在免疫应答中承担什么角色。InflammationImmunologyInflammation 是组织受到感染或损伤后，由 resident cells 与 recruited immune cells 通过 cytokines、chemokines 等介质共同组织的局部反应。Intraclass Correlation CoefficientStatisticsIntraclass correlation coefficient（ICC）衡量同一 subject 内 repeated measurements 的一致性或可靠性。

M

MacrophagesImmunology组织里的吞噬与调控细胞。不是单个 marker 能定义的类型，而是一组随组织环境变化的状态集合。MelanomaCancerMelanoma 是来源于 melanocytes 的恶性肿瘤。Melanocytes 是产生 melanin 的色素细胞，主要位于皮肤，也可见于眼、黏膜等部位。Modeling WorkflowStatisticsModeling workflow 是从 raw data 到 validated model 的有序但可迭代过程，涵盖探索、预处理、建模、评估与解释。Multicellular EcosystemCancerMulticellular ecosystem 是由相互作用的 cell types 与 cell states 构成的局部组织单元，它们共同塑造组织功能与疾病行为。Multiplexed Protein ImagingOmicsMultiplexed protein imaging 在保留组织空间位置的同时测量多个 protein markers，用于解析 cell phenotype 与 spatial neighborhood。Myeloid CellsImmunologyMyeloid cells 是来自 myeloid lineage 的免疫细胞集合，包括 monocytes、macrophages、dendritic cells 与 granulocytes 等。

N

NecroptosisCell BiologyNecroptosis 是主要由 RIPK1、RIPK3 与 MLKL 介导、具有膜破裂特征的 regulated cell death。

P

PathogensImmunology免疫系统不是为了“识别一切外来物”而存在，而是为了在病原体及其毒素造成损伤之前，限制、清除或控制它们。理解免疫应答时，先要理解敌人是什么：病原体有哪些类型、它们在哪里复制、大小差异有多大、以什么方式伤害宿主。Phases of the Immune ResponseImmunologyImmune response 是从快速的 innate defense，到 antigen-specific adaptive activation、effector phase，再到 immune memory 的时间过程。Phenotypic VariationCancerPhenotypic variation 指 cells、tissues、tumors 或 individuals 之间可观察的 biological states 与 behaviors 差异。PyroptosisCell BiologyPyroptosis 是由 gasdermin 成孔介导的 lytic regulated cell death，典型表现为 membrane pore formation、cell swelling 与炎症介质释放。

R

R PackageProgrammingR package 是按约定组织 R code、metadata、documentation、tests 及可选 data 的可安装软件单元。

S

Spatial Domain DiscoveryOmicsSpatial domain discovery 是从 spatial omics data 中识别 tissue regions、niches、neighborhoods 或 domains 的计算过程。Spatial EcoTyperOmicsSpatial EcoTyper 是从 spatially resolved molecular data 中识别并刻画 spatial ecotypes 的 machine-learning framework。Spatial TranscriptomicsOmics在保留组织空间位置信息的前提下测量基因表达。Statistical ModelingStatisticsStatistical model 是对数据生成过程或变量关系的数学表达，可用于描述、解释或预测。Supervised and Unsupervised LearningStatisticsSupervised learning 使用 labeled examples 学习 features 到已知 outcome 的映射；unsupervised learning 则在没有 outcome labels 时寻找数据结构。

T

TH2ImmunologyTH2 cells 是协调 type 2 immune response 的 CD4+ helper T-cell subset，主要分泌 IL-4、IL-5 与 IL-13。Tissue OrganizationCancerTissue organization 指 cells、cell states、extracellular structures 与 functional regions 在组织中的空间排列及相互关系。Tumor MicroenvironmentCancerTumor microenvironment（TME）是 malignant cells 与 immune、stromal、vascular components 及 extracellular matrix 共同构成的局部组织环境。