定义
EcoTyper 是从 single-cell 与 bulk transcriptomic data 中恢复 cell states，并进一步识别这些状态如何共同组成 multicellular ecotypes 的计算框架。这里的 ecotype 不是单一 cell type，而是一组在样本间反复共同出现、可能具有共同临床意义的 cell states。
为什么重要
Single-cell RNA-seq 能以较高分辨率发现 cell states，但队列通常较小；bulk RNA-seq 队列更大、临床随访更丰富，却混合了多种细胞。EcoTyper 的价值在于把 single-cell 中定义的状态投射到 bulk cohorts，使 cell-state composition 可以和生存、治疗反应或组织类型关联。
工作原理
框架先在各 major cell lineage 内寻找可复现的 transcriptional states，再估计每个样本中这些 states 的 abundance。随后根据跨样本的共同出现模式，把来自不同 lineages 的 states 组合成 ecotypes。解读时应区分三个层级：cell type、cell state 与由多个 states 构成的 ecotype。
能得到什么
- major cell types 内部的 cell states；
- 跨细胞类型共同出现的 state communities；
- tumour 或 carcinoma ecotypes；
- ecotype abundance 与 clinical outcomes 的关联。
主要局限
EcoTyper 的结果依赖 reference states、expression matrix 质量与 deconvolution assumptions。共同出现不等于细胞直接相互作用，也不证明因果关系。原始框架不直接使用 tissue coordinates，因此能推断 states 在同一样本中共现，却不能证明它们在 tumour core、margin 或 stroma 中空间共定位。
相关术语
- cell state
- deconvolution
- tumour microenvironment
- multicellular ecosystem
- spatial ecotype
相关论文
- Luca et al. 2021：EcoTyper 与 carcinoma ecotypes 的核心来源。
- Non-Invasive Profiling of the Tumour Microenvironment with Spatial Ecotypes：把 ecotype 思路扩展到空间数据。
阅读提示
看到“某 ecotype 与预后相关”时，应继续检查验证队列、效应量、组织组成和临床协变量；不要把统计关联直接写成某组细胞状态驱动疾病结局。